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MBioSEQ™ Ridom Typer 分析功能：

DNA序列分析模塊
支持導入及分析多種 NGS 測序平臺數據和 Sanger DNA 序列數據。
使用整合的Velvet、SKESA、SPAdes、Flye或Raven（后者需結合Medaka v2及我們專有的ONT-cgMLST-Polisher）和 BWA 算法組裝原始 reads（FASTQ）。讀取并分析拼接文件（ACE、BAM、FASTA）。通過 Mash Screen 檢查種間污染。

自動化序列分析流程
定義自動分析流程腳本，批量自動化進行質控、導入、拼接和分型數百個 NGS 數據，如當測序儀生成數據后可立即從測序儀獲取原始 reads 數據并自動啟動分析流程。

細菌表征
通過 Mash Distance 和 FastANI 鑒定細菌種類。使用定義的數據質控參數自動進行細菌分型，實現基于核心基因組和/或附屬基因組水平的 WGS 數據的等位基因和 SNP 分析?？蛇x用公共分型方案或使用內置的 cgMLST Target Definer 自定義基因組分型方案。使用 NCBI AMRFinder 預測抗菌藥物耐藥性（AMR）。支持沙門氏菌、大腸桿菌和單核細胞增生李斯特菌的基因血清分型分析。通過 MOB-suite  和 MobileElement-Finder 進行質粒重建與表征。

數據庫
從數據庫中存儲的實驗、流行病學和 DNA 序列數據中存儲、搜索、檢索、導出和創(chuàng)建報告。 數據字段符合 EBI European Nucleotide Archive (ENA) 的meta數據要求。 將新的序列條目與存儲的數據進行比較。 自動獲取可能的暴發(fā)提示。 管理和備份所有數據（序列和表型數據）。 從 NCBI下載完整基因組或者基因組草圖或SRA reads。只需單擊一下即可將原始reads和表型數據提交到 EBI ENA。

分析工具
在內置 GIS、epi-curve 和系統(tǒng)發(fā)育樹（支持最小生成樹算法等）功能的比較表中可視化地點、時間、“人”和型別等維度。所有維度視圖都是相互鏈接的，并且可以導出可發(fā)表格式（SVG 和 EMF）的圖表。 將樹的著色、拓撲結構和選擇的樣本存儲在比較表快照中。 搜索特定組的 SNP，例如，設計暴發(fā)菌株特異性 PCR 篩選試驗。

用戶友好型
圖形化用戶界面設計，無需腳本或生物信息學專業(yè)技能即可處理 NGS 數據。
流行病學數據與 DNA 序列數據存儲于一體化數據庫中，可自動觸發(fā)克隆及質粒傳播警報。

高度自動化流程
下載預定義的分型方案，或基于參考基因組及等位基因庫快速創(chuàng)建自定義方案。搭建分析流程后，可自動完成數百份樣本的分析，無需人為干預。

下載在線分型方案
與他人共享分型方案，使用 cgMLST.org 公共命名服務，該服務確保從 WGS 數據推導出分子分型的通用命名。

Ridom SeqSphere⁺ 微生物NGS分析應用
cgMLST和cgSNP分析
NCBI AMRFinderPlus耐藥基因分析
質粒介導耐藥性的早期預警（EWA）
沙門氏菌、大腸桿菌和單增李斯特菌基因組血清分型
金黃葡萄球菌spa分型
De novo 組裝 (SKESA, Velvet, [SPAdes]) 及mapping (BWA)
四維度（地點、時間、人物、型別）互聯(lián)可視化呈現數據
組特異性的SNPs用于開發(fā)特異性的篩選試驗
從NCBI 下載細菌基因組和 SRA FASTQ及 Meta 數據
EBI ENA 細菌 FASTQ 數據和 Meta 數據上傳
xinguan病毒 SARS-COV2 數據分析

Ridom軟件試用
MBioSEQ Ridom Typer軟件（即Ridom SeqSphere軟件）提供有限的免費試用名額，歡迎聯(lián)系上海一貝科技咨詢和申請。?